So, ich habe mich für ein Update auf 3.2 entschieden, weil recht viele Verbesserungen da sind und alles auch noch schneller geworden sein soll.
Der erste Download war wohl defekt und es ging nicht, oder es geht kein Update von der Platte selbst, sondern nur vom C: Laufwerk.
Problem war, dass es wohl alle Dateien im root-Laufwerk gekillt hat, nur nicht die .ssh. Ansonsten ist der symbolische link zum /opt weg:
rmdir /opt ln -s /volume1/@optware /opt
Zudem arbeite ich irgendwie am crontab rum, ohne dass was passiert.
Im Netz findet man den Ratschlag, man solle /etc/rc.local und /etc/rc.optware sichern.